本研究科の授業科目は、「必修科目」と「選択科目」に分類され、「選択科目」は３つの系に対応する形で「経営分野」「公共政策分野」「情報・数理・システム分野」に分かれています。

必修として下記の特別演習、特別研究の履修が必要です。これらは、各指導教員（研究室／ゼミ）単位で開講される修士論文執筆のためのゼミナール形式の講義です。

• 経営情報学特別演習I （1年前期）
• 経営情報学特別演習II （1年後期）
• 経営情報学特別研究I （2年前期）
• 経営情報学特別研究I （2年後期）

また、その他の必修科目として「指定単位科目」の履修が必要です。指定単位科目とは、指導教員が選択科目の中から特に指定した科目のことで、3科目が1年次の4月に指定されます。なお、修士論文に取り組むには、この指定単位科目3科目を履修していることが要件となっています。2年間での修了を目標とするならば、指定単位科目は全て1年生のうちに履修する必要があります。

「経営分野」「公共政策分野」「情報・数理・システム分野」の3つの分野から構成され、修了までに8科目（16単位）以上の単位取得が必要です。選択科目は系の区分や学年による履修の制限はなく、どの分野の講義も受講することができます。これにより、境界領域的な分野や融合分野を学ぶこともできます。

副論文とは、修了に必要な条件である英語試験に代わる課題の一つです。例えば、英語論文を邦訳する、あるいは日本語の論文を英訳するなどがあります。 2年生は、修士論文の審査に先立ち、指導教員が選定する課題の成果物（副論文）を提出する必要があります。この副論文審査に合格しなければ、修士論文を提出できません。

研究を実施する上で有益と認められる場合は、本学大学院国際関係学研究科が開設する科目の単位を10単位を上限として、修了要件となる単位に算入することができます（履修には指導教員・授業担当教員の承認が必要）。また、本研究科と静岡大学大学院人文社会科学研究科との間では、大学間協定に基づき、単位互換制度が実施されています。履修した場合には修了要件となる単位に算入できます（他研究科科目と合わせて10単位を上限）。